Endometriozisin (Çikolata kisti hastalığı) en temel komplikasyonu doğurganlığın hasar görmesidir. Endometriozise (Çikolata kisti hastalığı) sahip olan kadınların yaklaşık üçte biri ile yarısı hamile kalmakta zorlanmaktadırlar.

Hamileliğin sağlanması için yumurtanın yumurtalıktan salınması, fallopian tüpü doğrultusunda ilerlemesi, bir sperm tarafından döllenmesi ve kendini rahim duvarına yerleştirmesi gerekmektedir. Endometriozis (Çikolata kisti hastalığı) tüpte tıkanıklık yaratarak yumurta ve spermin birleşmesini engelleyebilir. Ancak Endometriozis (Çikolata kisti hastalığı) hamileliği doğrudan olmayan başka yollarla, yumurtaya veya sperme zarar vererek de engelleyebilir.

Bunlara rağmen hafif veya orta derece Endometriozise (Çikolata kisti hastalığı) sahip kadınlar hamile kalıp çocuk sahibi olabilmektedirler. Doktorlar zaman zaman kadınlara Endometriozis (Çikolata kisti hastalığı) gidere ağırlaşabileceği için çocuk sahibi olmayı ertelememeyi önermektedirler

Özellikle cinsel ilişki sırasındaki ağrıların önemli bir bölümünü Endometriozis (Çikolata kisti hastalığı) hastalığı oluşturur. Bu durum çoğunlukla psikolojik nedenlere bağlanıp gözden kaçabilir.

Endometriozisin yol açtığı diğer problemler:

• Dismenore (adet sırasında ağrı)
• Disparoni (cinsel ilişki sırasında ağrı)
• Diskinezi (büyük abdest sırasında ağrı)
• Dizüri( idrar yaparken ağrı)
• Bağırsak alışkanlıklarında değişmeer(kabızlık-ishal)
• Hematoşezi (kanlı dışkılama)
• Hematüri (idrarda kan görülmesi)
• Mukoraji( dışkıda mukus görülmesi)
• Adet düzensizlikleri
• İnfertilite (Kısırlık) ya da gebe kalmada zorluk.