Endometriozis (Çikolata kisti hastalığı), endometriyal hücrelere benzeyen mukozal hücrelerin normalde olduğu gibi rahim içi duvarında bulunmak yerine rahmin dışına çıkıp vücudun diğer bölgelerinde büyüyüp işlev görmeye başlamalıdır. Mikroskop altında Endometriozis (Çikolata kisti hastalığı) neredeyse her zaman rahimdeki normal endometriyumda bulunan hücreleri bulundurur, ancak bu hücrelerin bazı özellikleri farklı olduğu için endometriyal benzeri olarak tanımlanırlar.

Bu mikroskopik farklara rağmen Endometriotik (Çikolata kisti hastalığı dokusu) büyümeler tıpkı endometriyumun yaptığı doğurganlık dönemindeki kadınlarda ki gibi aylık cinsiyet hormonlarında olan iniş ve çıkışlara yanıt verirler. Bu yüzden Endometriozis (Çikolata kisti hastalığı) bir kadının adet döngüsüne veya yumurtlama döngüsüne göre kanayabilir, dökülebilir ve çoğalabilirler.

Genel bir bakış açısıyla çoğu araştırmacının dediğine göre, vücuttaki bağışıklık sistemi bu Endometriotik (Çikolata kisti hastalığı dokusu) büyümeleri tanıyıp olmaları gereken yerde olmadıklarını farkedip bunlara karşı savaş verir. (Diğer başka araştırmacılar da bağışıklık sisteminin çok geç olana kadar bu büyümeleri tanımadığını savunur). İlk hipoteze göre vücudun verdiği bu geçmeyen savaş yüzünden vücudun tepkileri ve diğer bağışıklık işlevleri devamlı olarak düzensizleşmektedir.

Bu klasik, zararlı bir döngüdür. Kısmen bağışıklık sisteminin tepkileri yüzünden ve başka faktörler yüzünden adet döneminde şiddetli ağrı, adet döneminden bağımsız olan geçmeyen ağrı, enflamasyon, doğurganlığın azalması, kısırlık, doku nekrozu, ve yara dokuları veya yapışıklıklar gelişebilir. Bazı ciddi vakalarda Endometriozis (Çikolata kisti hastalığı) ciddi komplikasyonlar oluşturan büyük ölçüde hasarlara sebep olabilir. Bunlardan bazıları hayati tehlikeye sebep olan bağırsak tıkanıklığı, mesane düzensizliği, böbrek işlevsizliği, sessiz böbrek kaybı, akciğer iflası ve yumurtalık ve fallopian tüplerinin kaybıdır.

Sağlıksız dokuların oluşumu aynı zamanda organları anormal şekillerde çevreleyebilir—bu durum ciddi vakalarda “frozen pelvis (tüm kadın iç organlarının ve bağırsak ve etraf dokuların birbirine yapışması) ” denilen, organ yetmezliği veya geçmeyen ağrıya sebep olabilen bir duruma yol açabilir.

Endometriotik (Çikolata kisti hastalığı dokusu) büyümeler görünüşe bakılırsa kendi kendilerine genetik yolaklar programlayabilmektedirler, bu sayede vücut içinde yayılmaya devam edip kendi hormonlarını, dolaşım ve sinir kaynaklarını yaratabilmektedirler. Endometriozis (Çikolata kisti hastalığı) sanki yaşamını devam ettirip hayatta kalmaya kararlıdır. Bu bağlamda Endometriozis (Çikolata kisti hastalığı), iyi huylu bir hastalık olarak tanımlanmasına rağmen kansere çok benzemektedir. Ancak Endometriozis (Çikolata kisti hastalığı) bazı kanserlerin riskini arttırabilmektedir. Bazı genetik yatkınlıklar, epigenetik mutasyonlar, kök hücre düzensizlikleri, bağışıklık sistemi bozuklukları ve çevresel tetiklemelerin kombinasyonu Endometriozis (Çikolata kisti hastalığı)’in ortaya çıkışında muhtemel faktörler olarak ortaya sürülmüştür. Tüm bu muhtemel yolaklar doğrultusunda Endometriozis (Çikolata kisti hastalığı) ilerleyen bir hastalık olabilmektedir—yani, rahim ve yumurtalıkların alınması dahil her cerrahi ve tıbbi müdahalelere rağmen vücutta yayılmaya ve bulguları şiddetlendirmeye devam edebilmektedir.